完整性：核酸樣品若存在降解，會導致電泳條帶呈現彌散狀或出現多條不清晰的條帶，影響對核酸分子量大小和濃度的準確判斷。

純度：樣品中若含有蛋白質、多糖、酚類等雜質，可能會與核酸結合，影響核酸在凝膠中的遷移率，導致條帶變形、拖尾或遷移速度異常。

種類：不同的緩沖液具有不同的 pH 值和離子強度，會影響核酸的帶電性質和遷移速度。例如，常用的 TAE 緩沖液（Tris - 乙酸 - EDTA）和 TBE 緩沖液（Tris - 硼酸 - EDTA），TBE 的緩沖能力較強，適合長時間電泳，但高濃度的 TBE 會影響 DNA 的遷移率，而 TAE 則更適合用于大片段 DNA 的電泳。

濃度：緩沖液濃度過高，會使凝膠的電阻增大，產熱增加，導致核酸分子的遷移速度減慢，甚至可能使 DNA 條帶扭曲變形；濃度過低，緩沖能力不足，會使電泳過程中 pH 值發生變化，影響核酸的遷移。

使用次數：多次使用的緩沖液中離子濃度會發生變化，且可能積累了電泳過程中產生的雜質，如核酸降解產物等，從而影響電泳效果，一般建議及時更換緩沖液。

電場強度過大，會使核酸分子遷移速度過快，導致分辨率降低，尤其對于較大分子量的核酸，可能會使其在凝膠中的遷移行為異常，無法準確分離；電場強度過小，電泳時間會延長，核酸分子可能會發生擴散，同樣影響分辨率。一般來說，在進行常規瓊脂糖凝膠電泳時，電場強度通常控制在 5 - 10 V/cm。

制備過程：凝膠制備過程中若攪拌不均勻、加熱不充分或冷卻速度過快等，都可能導致凝膠的孔徑大小不均勻，影響核酸分子的遷移路徑，使條帶不整齊或出現扭曲現象。

保存條件：制備好的凝膠若保存不當，如在干燥環境中放置時間過長，會導致凝膠失水干裂；若保存溫度過低或過高，也會影響凝膠的性能，一般建議將凝膠保存在 4℃左右的濕潤環境中，并盡快使用。

染色劑：選擇合適的染色劑對于清晰觀察核酸條帶至關重要。常用的染色劑如溴化乙錠（EB），其與核酸結合的量會影響條帶的熒光強度，如果染色時間過長或染色劑濃度過高，可能會導致背景熒光增強，影響條帶的清晰度；而染色時間過短或濃度過低，則條帶熒光較弱，不易觀察。此外，不同染色劑對不同類型核酸的親和力也有所差異，例如 SYBR Green 對雙鏈 DNA 和 RNA 都有較好的染色效果，而對單鏈 DNA 的染色效果相對較弱。

成像設備：成像設備的靈敏度、分辨率以及曝光時間等參數設置也會影響核酸電泳結果的呈現。如果曝光時間過長，條帶會過亮且可能出現拖尾現象；曝光時間過短，條帶則可能顯示不出來。